南岸区古属巴国，秦灭巴国置巴郡，辖江州县，今南岸区为江州县属地，江州县后改名垫江县，公元561年改名巴县。
　　1929年重庆建市，拓展市区范围，在玄坛庙设南岸市政管理处，管理由巴县划入的南城坪、海棠溪、龙门浩、弹子石四坊。1935年2月，正式设立重庆第四区，下半年改为第六区。1929年6月，改第六区为重庆市第十一区、二十区。1941年从巴县划入崇文、大兴两乡，设重庆市第十一区。1944年7月，第十一区分建为重庆市第十一区、十八区。其时，重庆市长江南岸并设4个区。
　　1950年6月，南岸4个区合并建立重庆市第五区、第六区。次年，郭家沱由江北县划入第六区，增建为乡。1952年10月，两区合并为重庆市第五区，并由巴县划入文峰乡。1955年10月，第五区更名为重庆市南岸区。
　　1995年3月，重庆市进行行政区划调整，郭家沱街道和峡口镇的郭家沱村划归江北区，巴县（今巴南区）的长生桥、迎龙、广阳三镇及九龙坡区花溪镇的二塘村划入南岸区。调整后，南岸区辖南坪、龙门浩、海棠溪、玄坛庙、弹子石、大佛段、铜元局、花园路8个街道办事处和南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷垭6个镇，以及从巴县（今巴南区）划入的长生桥、迎龙、广阳3个镇。区人民政府驻南坪万寿桥。
　　1999年底，撤销玄坛庙街道，并入涂山镇，2000年按照新建制运行。
　　2000年，南岸区辖7个街道、9个镇：南坪、龙门浩、海棠溪、弹子石、大佛段、铜元局、花园路7个街道办事处；南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷桠、长生桥、迎龙、广阳9个镇。根据第五次人口普查数据：全区总人口592566人，其中：铜元局街道 30907人、花园路街道 68130人、南坪街道 100692人、海棠溪街道 67068人、龙门浩街道 34112人、弹子石街道 27675人、大佛段街道 27574人、黄桷垭镇 40184人、南坪镇 36015人、涂山镇 40517人、鸡冠石镇 1381人、南山镇 5957人、峡口镇 17706人、长生桥镇 39882人、迎龙镇 20178人、广阳镇 22153人。
　　2001年，将原大佛段街道并入涂山镇。2001年底，南岸区辖6个街道、9个镇：南坪、龙门浩、海棠溪、弹子石、铜元局、花园路7个街道办事处；南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷桠、长生桥、迎龙、广阳9个镇。
　　2002年，南岸区辖6个街道办事处（铜元局、南坪、花园路、海棠溪、龙门浩、弹子石）、9个镇（南坪、黄桷垭、南山、涂山、鸡冠石、峡口、长生桥、迎龙、广阳），69个居委会、69个村委会。2002年末户籍总人口48.97万人，其中非农业人口35.99万人。
　　2006年7月27日，重庆市人民政府《关于南岸区行政区划调整方案的批复》（渝府[2006]152号）同意南岸区将现有的6个街道、9个镇调整为7个街道、7个镇。具体调整如下：
　　（一）撤销南山镇、黄桷垭镇。
　　（二）设立南山街道。管辖原南山镇、黄桷垭镇的行政区域，辖6个社区、9个村委会，幅员面积33平方公里。街道办事处驻崇文路138号（原黄桷垭镇政府驻地）。
　　（三）保留铜元局街道、花园路街道、南坪街道、海棠溪街道、龙门浩街道、弹子石街道等6个街道；南坪镇、涂山镇、峡口镇、鸡冠石镇、长生桥镇、迎龙镇、广阳镇等7个镇。其行政区域和驻地不变。
南岸区是重庆主城区的重要组成部分，位于重庆市的长江南岸，依山傍水，全区幅员面积265平方公里，城区建成面积44平方公里，辖7个街道、7个镇，总人口近60万。政府所在地为长生桥。南岸区北部为峡谷冲积平原南部为山脉，在附近的涂山，黄山，真武山均为旅游景区。南岸交通已有石板坡长江大桥、石板坡长江大桥复线桥、鹅公岩长江大桥、菜园坝长江大桥与渝中区相连，大佛寺大桥、朝天门大桥与江北区相连，渝黔高速公路横穿境内，给市民出行带来极大的方便。
　　南岸区是重庆发展较早的一个区，在二战时期聚集了大量军政、文化界人士如何应钦、宋美龄、林森、马歇尔、戴笠、陈立夫，文化界人士包括茅盾，巴金，郭沫若，胡适，陶行知等均在重庆南岸居住。但南岸工业自抗战以来一直并不发达，主要支柱产业为商业。除工业外，排收入第三，第四的为为旅游和教育。在南岸区有南滨路（即长江南岸滨江路观光美食流行街），弹子石法租界历史文化街等旅游名胜。南岸区内拥有重庆众多高等院校和研究单位，有重庆交通大学、重庆邮电大学、重庆工商大学、重庆教育学院的主校区和重庆理工大学的一部分校区。